SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome brucella_suis_cita_364_fix
Date 2025-02-24 16:30
SnpEff version 
SnpEff 5.2 (build 2023-09-29 06:17), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  -csvStats CRG3_fix_snp.snpEff_summary.csv -htmlStats CRG3_fix_snp.snpEff_summary.html brucella_suis_cita_364_fix CRG3_fix_snp.vcf
Warnings 1,007
Errors 0
Number of lines (input file) 1,120
Number of variants (before filter) 1,120
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		1,120
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of effects 12,136
Genome total length 3,328,972
Genome effective length 3,328,972
Variant rate 1 variant every 2,972 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
OOAJICEE_1 1,927,594 600 3,212
OOAJICEE_2 1,401,378 520 2,694
Total 3,328,972 1,120 2,972

Number variants by type

Type Total
SNP 773
MNP 0
INS 299
DEL 48
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 1,120

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   128 1.055%
LOW   254 2.093%
MODERATE   360 2.966%
MODIFIER   11,394 93.886%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   354 57.561%
NONSENSE   6 0.976%
SILENT   255 41.463%

Missense / Silent ratio: 1.3882

Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
conservative_inframe_deletion   7 0.058%
disruptive_inframe_deletion   4 0.033%
downstream_gene_variant   5,615 46.214%
frameshift_variant   116 0.955%
intergenic_region   380 3.128%
missense_variant   349 2.872%
splice_region_variant   11 0.091%
start_lost   3 0.025%
stop_gained   8 0.066%
stop_lost   4 0.033%
stop_retained_variant   6 0.049%
synonymous_variant   248 2.041%
upstream_gene_variant   5,399 44.436%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   5,615 46.267%
EXON   736 6.065%
INTERGENIC   380 3.131%
SPLICE_SITE_REGION   6 0.049%
UPSTREAM   5,399 44.487%

Quality:
Insertions and deletions length: 

	

		
 Min0 

		
 Max1 

		
 Mean0.138 

		
 Median0 

		
 Standard deviation0.346 

		
 Values0,1 

		
 Count299,48
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 23 160 5
C 26 0 55 159
G 127 50 0 20
T 6 120 22 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 566
Transversions 207
Ts/Tv ratio 2.7343

All variants: 

Sample ,Total
Transitions ,566,566
Transversions ,207,207
Ts/Tv ,2.734,2.734

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Allele Count


Min1
Max1
Mean1
Median1
Standard deviation0
Values1
Count1120

Hom/Het per sample 




Sample_names 
Reference 
Het 
Hom 
Missing

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
-                                                                                                                                
AAA 3     4   1             1       1                               2                                                              
AAC 1     1 2         2                                               3                                                            
AAG 1 3 2               2                                               1                                                          
AAT 2 1 1           1                                                     4                                                        
ACA               2                                                         3                                                      
ACC 1   1         4 2 1       4                                               11                               1                    
ACG 1         2 1   1   2       3                                               3                                                  
ACT             4 1       1                                                       2                                                
AGC 1   3 1     4       1 4                                             1             8                                            
AGG               1                                                                     1                                          
AGT 1       1         1                                                                   2                                        
ATA 1                           5 1                                                                                                
ATC 3       1   1   1 1         2 2                           1                               3                                    
ATG 3     1       6           1   1                             1                               5                                  
ATT 1               1         3 2                                                                 2                                
CAA 2                                   4   1                                                                                      
CAC                                                   3                                                                            
CAG 1     1                         7 4     4   2   7   2   3           1                                                          
CAT 2                                 1                   1               1                               2                        
CCA 3                                           5                                                                                  
CCC 1           1                           1 1 2 2           2               1                               3                    
CCG 3             1                     1   6 1                 6               1                                                  
CCT 1                                         1 2 1               1                                                                
CGA 1                               1                                                                                              
CGC 4                                 7       1     2   2 7   1                                                       4            
CGG                     1               1       1   1 2 1                                                               1          
CGT 2                                     2           5 1                                                                          
CTA                                                           1 6                                                                  
CTC 1                         1           1   1   4   1   3     2 7                           3                               2    
CTG 1                                           5       1   3 1   2                             1                               1  
CTT 4                             1               1       1   2                                   2                               1
GAA 3                                                                   4   1       4                                              
GAC     1                             1                                 2 9           3                                            
GAG 3     2                                                         1   24       1       2               1                          
GAT 2       4                                                         8                   2                                        
GCA 3         1                                                     1         7 11 1 1       2 1                                    
GCC 7           6                                                     1       2 1 13   5       4               1                    
GCG 1             3                             1                           7     1     2       13                                  
GCT 2               3                                 5                   2   4 2     6   3                           4            
GGA                     1                                           2       2         1 1                                          
GGC 5                 7                               1               5       2     1   4 18   1                                    
GGG 3                   1                                               2           4 1   2                                        
GGT                     1 2                                               1       2   9 2                                          
GTA                                                                         1                   2                                  
GTC 1                         2                               1               4                                               1    
GTG 2                           1                               3               7         1       2                                
GTT 2                             3                               6               2           2                                    
TAA                                                                 1                               1               5              
TAC                                   3                                                                   1           2            
TAG                                                                                                                                
TAT 2                                     4                                                         3 1                   1 3      
TCA 1                                                                                                           5                  
TCC 2           1                                                                                           1   1 3   1       1    
TCG 3                                           3                                                       1   3 1                 1  
TCT 3                                             2                                                           5                    
TGA                                                                                                 1                 1 1   1      
TGC                                                   4                                                                 2          
TGG                                                     5                                               1           2 2            
TGT 1                                                     2                                               1           1            
TTA 1                                                                                                                           2  
TTC 1                                                                                         1                                   3
TTG 3                                                           4                                               1           2     1
TTT                                                               1                                                           1 1 1

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
* 7       1   1           1                 1  
-     98                                        
?                                              
A   13   49 4 3 1   17             1   5 1 13 20    
C   1     1                         6       2 1
D   2       17 2   5 1         5                
E 1 6   2     29   6     2                      
F   1           5         2               1    
G   8   6   6 4   43                 4 9   1    
H   2       1       1               4         2
I   5                 6   1 9 1       1 3 5    
K   4         3       1 7     2   1 2   1      
L   10           4   1 2   33     11   6 1   6    
M   3                 2 1 1             6 5    
N   3       7           2     3       2 1      
P   8   2                 9     22 1   3 2      
Q   3         1     4   1 3     7 11 9          
R   7     4       1 9     1     2 2 22   1   1  
S 1 11     1   1 1 10     1 1   4 5   1 24 5      
T   2   19             4     3 1     2 3 17      
V   5   14       1 1   5   10 1             6    
W 3       2                         5          
Y 3 2     3         7     3                   2

Variants by chromosome

		

		OOAJICEE_1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000,1410000,1420000,1430000,1440000,1450000,1460000,1470000,1480000,1490000,1500000,1510000,1520000,1530000,1540000,1550000,1560000,1570000,1580000,1590000,1600000,1610000,1620000,1630000,1640000,1650000,1660000,1670000,1680000,1690000,1700000,1710000,1720000,1730000,1740000,1750000,1760000,1770000,1780000,1790000,1800000,1810000,1820000,1830000,1840000,1850000,1860000,1870000,1880000,1890000,1900000,1910000,1920000
OOAJICEE_1,Count,1,2,1,1,2,2,13,3,3,2,1,0,0,2,4,2,3,3,4,5,4,3,1,0,1,0,3,0,12,1,1,3,6,0,3,4,3,3,3,17,5,2,1,0,2,3,1,0,1,2,3,1,4,1,2,0,1,4,5,3,3,2,2,1,6,20,1,0,4,5,1,5,4,5,3,2,2,1,5,8,2,4,2,4,4,4,4,23,1,4,2,7,4,3,3,4,5,2,3,0,2,7,4,5,1,2,5,8,7,0,1,2,1,5,2,1,1,1,2,1,0,3,3,0,1,2,8,1,1,1,1,2,3,3,4,5,4,1,2,3,3,2,2,3,31,3,2,1,2,2,2,3,2,0,2,1,5,5,2,2,4,0,1,7,1,4,6,1,3,4,5,2,4,1,2,5,1,5,2,6,4,2,1,3,1,4,1,0,2,5,1,1,2

	
		

		OOAJICEE_2, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000
OOAJICEE_2,Count,3,7,4,3,1,3,2,3,2,2,3,3,3,3,3,1,0,2,1,5,11,4,0,6,3,0,2,3,2,2,2,3,0,2,4,1,5,3,0,4,5,5,4,1,2,3,4,2,4,2,1,4,1,2,3,2,1,4,3,1,4,1,2,4,2,77,1,0,2,0,1,2,2,4,7,0,4,5,1,1,4,1,1,3,3,3,1,4,3,1,3,0,2,3,2,5,5,0,1,5,1,1,2,0,3,18,2,2,1,3,3,6,4,3,3,1,30,57,0,1,2,3,4,0,3,2,2,3,1,3,2,3,1,5,2,3,1,1,3,0,0
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.