SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome brucella_suis_cita_364_fix
Date 2025-02-24 16:30
SnpEff version 
SnpEff 5.2 (build 2023-09-29 06:17), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  -csvStats CRG4_fix_snp.snpEff_summary.csv -htmlStats CRG4_fix_snp.snpEff_summary.html brucella_suis_cita_364_fix CRG4_fix_snp.vcf
Warnings 1,014
Errors 0
Number of lines (input file) 1,136
Number of variants (before filter) 1,136
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		1,136
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of effects 12,302
Genome total length 3,328,972
Genome effective length 3,328,972
Variant rate 1 variant every 2,930 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
OOAJICEE_1 1,927,594 612 3,149
OOAJICEE_2 1,401,378 524 2,674
Total 3,328,972 1,136 2,930

Number variants by type

Type Total
SNP 781
MNP 0
INS 305
DEL 50
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 1,136

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   136 1.106%
LOW   256 2.081%
MODERATE   365 2.967%
MODIFIER   11,545 93.847%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   358 57.649%
NONSENSE   6 0.966%
SILENT   257 41.385%

Missense / Silent ratio: 1.393

Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
conservative_inframe_deletion   7 0.057%
disruptive_inframe_deletion   4 0.032%
downstream_gene_variant   5,688 46.184%
frameshift_variant   125 1.015%
intergenic_region   380 3.085%
intragenic_variant   1 0.008%
missense_variant   354 2.874%
splice_region_variant   11 0.089%
start_lost   1 0.008%
stop_gained   9 0.073%
stop_lost   4 0.032%
stop_retained_variant   6 0.049%
synonymous_variant   250 2.03%
upstream_gene_variant   5,476 44.462%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   5,688 46.236%
EXON   751 6.105%
INTERGENIC   380 3.089%
SPLICE_SITE_REGION   6 0.049%
TRANSCRIPT   1 0.008%
UPSTREAM   5,476 44.513%

Quality:
Insertions and deletions length: 

	

		
 Min0 

		
 Max1 

		
 Mean0.141 

		
 Median0 

		
 Standard deviation0.348 

		
 Values0,1 

		
 Count305,50
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 22 161 4
C 26 0 55 161
G 134 50 0 20
T 6 120 22 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 576
Transversions 205
Ts/Tv ratio 2.8098

All variants: 

Sample ,Total
Transitions ,576,576
Transversions ,205,205
Ts/Tv ,2.810,2.810

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Allele Count


Min1
Max1
Mean1
Median1
Standard deviation0
Values1
Count1136

Hom/Het per sample 




Sample_names 
Reference 
Het 
Hom 
Missing

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
-                                                                                                                                
AAA 3     4   1             1       4                               3                               1                              
AAC 1     1 2         2                                               3                                                            
AAG 1 3 2               2                                               1                                                          
AAT 2 1 1           1                                                     4                                                        
ACA               2                                                         3                                                      
ACC 1   1         4 2 1       4                                               11                               1                    
ACG 1         2 1   1   2       3                                               3                                                  
ACT             4 1       1                                                       2                                                
AGC 1   3 1     4       1 4                                             1             8                                            
AGG               1                                                                     1                                          
AGT 1       1         1                                                                   2                                        
ATA 1                           5 1                                                                                                
ATC 3       1   1   1 1         2 2                           1                               3                                    
ATG 2             6           1   1                             1                               5                                  
ATT 1               1         3 2                                                                 2                                
CAA 2                                   4   1                                                                                      
CAC                                                   3                                                                            
CAG 2     1                         7 4     4   2   7   2   3           1                                                          
CAT 2                                 1                   1               1                               2                        
CCA 3                                           5                                                                                  
CCC 2           1                           1 1 2 2           2               1                               3                    
CCG 3             1                     1   6 1                 6               1                                                  
CCT 1                                         1 2 1               1                                                                
CGA 1                               2                                                                                              
CGC 4                                 7       1     2   2 7   1                                                       4            
CGG 1                   1               1       1   1 2 1                                                               1          
CGT 2                                     2           5 1                                                                          
CTA                                                           1 6                                                                  
CTC 1                         1           1   1   4   1   3     2 7                           3                               2    
CTG 1                                           5       1   3 1   2                             1                               2  
CTT 4                             1               1       1   2                                   2                               1
GAA 2                                                                   4   1       3                                              
GAC 1   1                             1                                 2 9           3                                            
GAG 4     2                                                         1   24       1       2               1                          
GAT 1       5                                                         8                   2                                        
GCA 3         1                                                     1         8 11 2 1       2 1                                    
GCC 7           6                                                     1       2 1 13   5       4               1                    
GCG 1             3                             1                           7     1     2       13                                  
GCT 2               3                                 5                   2   4 2     6   3                           4            
GGA 1                   1                                           2       2         1 1                                          
GGC 4                 7                               1               5       2     1   4 18   1                                    
GGG 3                   1                                               2           4 1   2                                        
GGT                     1 2                                               1       2   9 2                                          
GTA                                                                         1                   2                                  
GTC 1                         2                               1               4                                               1    
GTG 2                           1                               3               7         1       2                                
GTT 2                             3                               6               2           2                                    
TAA                                                                 1                               1               5              
TAC                                   3                                                                   1           2            
TAG                                                                                                                                
TAT 2                                     4                                                         3 1                   1 3      
TCA 1                                                                                                           5                  
TCC 2           1                                                                                           1   1 3   1       1    
TCG 3                                           3                                                       1   4 1                 4  
TCT 3                                             2                                                           5                   1
TGA                                                                                                 1                 1 1   1      
TGC                                                   4                                                                 2          
TGG                                                     5                                               1           2 2            
TGT 1                                                     2                                               1           1            
TTA 1                                                                                                                           2  
TTC 1                                                                                         1                                   3
TTG 3                                                           4                                               1           2     1
TTT                                                               1                                                           1 1 1

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
* 7       1   1           1                 1  
-     105                                        
?                                              
A   13   51 4 3 1   17             1   5 1 13 20    
C   1     1                         6       2 1
D   2       17 2   5 1         6                
E 1 6   2     29   5     2                      
F   1           5         2               1    
G   8   6   6 4   43                 4 9   1    
H   2       1       1               4         2
I   5                 6   1 9 1       1 3 5    
K 1 4         4       1 7     2   4 2   1      
L   10           4   1 2   34     11   6 1   6    
M   2                 2   1             6 5    
N   3       7           2     3       2 1      
P   9   2                 9     22 1   3 2      
Q   4         1     4   1 3     7 11 9          
R   8     4       1 9     1     2 3 22   1   1  
S 1 11     1   1 2 10     1 4   4 5   1 25 5      
T   2   19             4     3 1     2 3 17      
V   5   14       1 1   5   10 1             6    
W 3       2                         5          
Y 3 2     3         7     3                   2

Variants by chromosome

		

		OOAJICEE_1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000,1410000,1420000,1430000,1440000,1450000,1460000,1470000,1480000,1490000,1500000,1510000,1520000,1530000,1540000,1550000,1560000,1570000,1580000,1590000,1600000,1610000,1620000,1630000,1640000,1650000,1660000,1670000,1680000,1690000,1700000,1710000,1720000,1730000,1740000,1750000,1760000,1770000,1780000,1790000,1800000,1810000,1820000,1830000,1840000,1850000,1860000,1870000,1880000,1890000,1900000,1910000,1920000
OOAJICEE_1,Count,1,2,1,1,2,2,20,3,3,2,1,0,0,2,4,2,3,3,4,5,4,3,1,0,1,0,3,0,13,1,1,1,5,0,3,3,3,3,3,17,5,3,1,0,2,3,1,0,1,2,3,1,4,2,3,0,1,4,5,3,3,2,2,1,6,21,1,0,4,5,1,5,4,5,3,2,2,1,5,8,2,4,2,4,4,4,4,23,1,5,2,7,4,3,3,4,5,2,3,0,2,7,4,5,1,3,5,5,7,0,1,2,1,5,2,1,1,1,2,2,1,3,3,0,1,2,8,1,1,2,1,2,3,3,4,5,4,1,2,3,3,2,2,3,31,3,3,1,2,2,2,3,2,0,2,1,5,5,2,2,4,0,1,7,1,5,6,1,3,4,5,2,4,1,2,5,1,5,2,6,4,2,1,3,1,4,1,0,2,5,1,1,2

	
		

		OOAJICEE_2, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000
OOAJICEE_2,Count,4,7,4,3,1,3,2,3,2,2,3,3,3,3,3,1,0,2,1,5,11,4,0,6,3,0,2,2,2,2,2,3,0,2,4,1,5,3,0,4,5,5,4,1,2,3,4,2,4,2,1,4,1,2,3,2,1,4,3,1,4,1,3,4,2,77,1,0,2,0,1,2,2,4,7,0,4,5,1,1,4,1,1,4,3,3,1,5,3,1,3,0,2,3,2,6,5,0,1,5,1,1,2,1,3,18,2,2,1,3,3,6,4,3,2,1,30,57,0,1,2,3,4,0,3,2,2,3,1,3,2,3,1,5,2,3,1,1,3,0,0
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.