SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene

Summary

Genome brucella_suis_cita_364_fix
Date 2025-03-10 14:51
SnpEff version
SnpEff 5.2 (build 2023-09-29 06:17), by Pablo Cingolani
Command line arguments
SnpEff  -csvStats all_indels.snpEff_summary.csv -htmlStats all_indels.snpEff_summary.html brucella_suis_cita_364_fix all_indels_to_be_anno.vcf 
Warnings 174
Errors 0
Number of lines (input file) 196
Number of variants (before filter) 196
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative)
0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants)
196
Number of known variants
(i.e. non-empty ID)
0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles)
0
Number of effects 2,084
Genome total length 3,328,972
Genome effective length 3,328,972
Variant rate 1 variant every 16,984 bases


Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
OOAJICEE_1 1,927,594 118 16,335
OOAJICEE_2 1,401,378 78 17,966
Total 3,328,972 196 16,984


Number variants by type

Type Total
SNP 0
MNP 0
INS 116
DEL 80
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 196


Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   121 5.806%
MODERATE   13 0.624%
MODIFIER   1,950 93.57%


Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent

Missense / Silent ratio: 0


Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
conservative_inframe_deletion   8 0.382%
disruptive_inframe_deletion   5 0.239%
downstream_gene_variant   879 41.977%
frameshift_variant   121 5.778%
intergenic_region   63 3.009%
intragenic_variant   1 0.048%
splice_region_variant   5 0.239%
start_lost   1 0.048%
stop_gained   2 0.096%
stop_lost   2 0.096%
upstream_gene_variant   1,007 48.09%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   879 42.179%
EXON   134 6.43%
INTERGENIC   63 3.023%
TRANSCRIPT   1 0.048%
UPSTREAM   1,007 48.321%


Quality:

	

Insertions and deletions length:

	
Min0
Max1
Mean0.408
Median0
Standard deviation0.493
Values0,1
Count116,80


Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 0 0 0
C 0 0 0 0
G 0 0 0 0
T 0 0 0 0


Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 0
Transversions 0
Ts/Tv ratio 0

All variants:

No results available (empty input?)

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field):

No results available (empty input?)


Allele frequency



Allele Count


Min1
Max1
Mean1
Median1
Standard deviation0
Values1
Count196


Hom/Het per sample




Sample_names 
Reference 
Het 
Hom 
Missing 


Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGC TGT TTA TTC TTG TTT
-                                                                                                                          
AAA 4                   1             1                             1                             1                          
AAC 1                                                                                                                        
AAG 1                                                                                                                        
AAT 2                                                                                                                        
ACA                                                                                                                          
ACC 1   1                                                                                                                    
ACG 2         1 1   1                                                                                                        
ACT                                                                                                                          
AGA                                                                                                                          
AGC 4     1             3                                               1                                                    
AGG 1     1       1       1       1                                                                                          
AGT 3                                                                                                                        
ATA 2                                                                                                                        
ATC 3       1       1                                                                                                        
ATG 3                                                                                                                        
ATT 1                                                                                                                        
CAA 2                                                                                                                        
CAG 3                                 1     1       1       1                                                                
CAT 3                                                                                                                        
CCA 3                                       1                                                                                
CCC 2                                         1                                                                              
CCG 3                                         1                               1                                              
CCT 1                                             1                                                                          
CGA 1                                   1           1 1 2 1                                                                  
CGC 5                                                                                                                        
CGG 2                                                   1                                                                    
CGT 2                                                                                                                        
CTA                                                                                                                          
CTC 3                                     1       1       1       1                                                          
CTG 1                                                                                                                        
CTT 4                                                                                                                        
GAA 4                                                               1               1                                        
GAC 1                                                                                                                        
GAG 5                                                                   4                                                    
GAT 2                 1                                               1   2                                                  
GCA 6                                                                         2 1 1         1                                
GCC 8                                                                         2       1                                      
GCG 3                                                                       1 1   1                                          
GCT 3                                                 1                               1                           1          
GGA 2                     1                                                                                                  
GGC 5                                                                                                                        
GGG 3                                                                                                                        
GGT                       1                                                               2                                  
GTC 1                                                                                                                        
GTG 3                                                                                     1                                  
GTT 2                                                                                                                        
TAA                                                                                               1                          
TAC                                                                                                                          
TAG                                                                                               1 1 1 1                    
TAT 3                                                                                             1                   2      
TCA 1                           1                                                                                            
TCC 3                                                                                               1     1                  
TCG 4                                                                                                                        
TCT 3                                                                                                                        
TGC                                                                                                                          
TGT 2                                                                                                                        
TTA 3                                                                                                                        
TTC 1                                                                                                                       1
TTG 4                                                                                           1                           1
TTT 2                                                                                                                   1   1


Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V Y
* 3                                         2
-     77                                      
?                                            
A   20   9 1       2                 1     1  
C   2                                        
D   3       3                       1        
E   9         5   1                          
F   3           3                            
G   10             2                 2        
H   3                                        
I   6                         1         1    
K 1 5         1                   1   1      
L   15           1   1     1     1   1     1  
M   3                                        
N   3                                        
P   9   1                       4            
Q   5                     1     1 1 1        
R   11                   1   1     1 7   1    
S   18         1       1 1             4     1
T   3                         1         3    
V   6             1                          
Y 1 3                     2                  


Variants by chromosome

		
OOAJICEE_1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000,1410000,1420000,1430000,1440000,1450000,1460000,1470000,1480000,1490000,1500000,1510000,1520000,1530000,1540000,1550000,1560000,1570000,1580000,1590000,1600000,1610000,1620000,1630000,1640000,1650000,1660000,1670000,1680000,1690000,1700000,1710000,1720000,1730000,1740000,1750000,1760000,1770000,1780000,1790000,1800000,1810000,1820000,1830000,1840000,1850000,1860000,1870000,1880000,1890000,1900000,1910000,1920000 OOAJICEE_1,Count,0,0,0,0,0,0,12,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,1,0,0,0,0,0,6,0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,3,0,1,0,0,1,2,0,0,0,1,0,0,1,3,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,4,0,0,0,0,1,0,0,1,2,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,4,0,3,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,2,1,0,1,0,1,1,5,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,1,1,1,4,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,2,23,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,1,0,0,0,0,0,0
		
OOAJICEE_2, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000 OOAJICEE_2,Count,2,3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,1,1,2,0,0,0,0,0,0,1,2,0,0,0,0,0,1,0,1,1,0,2,1,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,2,0,0,1,0,0,4,1,9,0,0,0,3,0,0,0,0,1,0,1,1,0,0,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,1,0,3,0,0,0,1,2,1,0,1,1,0,4,4,0,0,0,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,1,0,0,1,1,0

Details by gene

Here you can find a tab-separated table.