SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome brucella_suis_cita_364_fix
Date 2025-03-10 14:55
SnpEff version 
SnpEff 5.2 (build 2023-09-29 06:17), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  -csvStats all_snps.snpEff_summary.csv -htmlStats all_snps.snpEff_summary.html brucella_suis_cita_364_fix all_snps_to_be_anno.vcf
Warnings 738
Errors 0
Number of lines (input file) 818
Number of variants (before filter) 818
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		818
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of effects 8,674
Genome total length 3,328,972
Genome effective length 3,328,972
Variant rate 1 variant every 4,069 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
OOAJICEE_1 1,927,594 501 3,847
OOAJICEE_2 1,401,378 317 4,420
Total 3,328,972 818 4,069

Number variants by type

Type Total
SNP 818
MNP 0
INS 0
DEL 0
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 818

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   14 0.161%
LOW   263 3.032%
MODERATE   376 4.335%
MODIFIER   8,021 92.472%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   382 58.499%
NONSENSE   7 1.072%
SILENT   264 40.429%

Missense / Silent ratio: 1.447

Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
downstream_gene_variant   3,867 44.525%
intergenic_region   165 1.9%
intragenic_variant   1 0.012%
missense_variant   376 4.329%
splice_region_variant   11 0.127%
start_lost   3 0.035%
stop_gained   7 0.081%
stop_lost   4 0.046%
stop_retained_variant   7 0.081%
synonymous_variant   256 2.948%
upstream_gene_variant   3,988 45.918%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   3,867 44.582%
EXON   646 7.448%
INTERGENIC   165 1.902%
SPLICE_SITE_REGION   7 0.081%
TRANSCRIPT   1 0.012%
UPSTREAM   3,988 45.976%

Quality:
Insertions and deletions length:
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 23 163 5
C 27 0 56 171
G 146 52 0 23
T 7 121 24 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 601
Transversions 217
Ts/Tv ratio 2.7696

All variants: 

Sample ,Total
Transitions ,601,601
Transversions ,217,217
Ts/Tv ,2.770,2.770

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Allele Count


Min1
Max1
Mean1
Median1
Standard deviation0
Values1
Count818

Hom/Het per sample 




Sample_names 
Reference 
Het 
Hom 
Missing

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
AAA     4   1             1       1                               2                                                              
AAC     1 2         3                                               4                                                            
AAG 3 2               2                                               1                                                          
AAT 1 1           1                                                     4                                                        
ACA             2                                                         3                                                      
ACC             4 2 1       4                                               11                               1                    
ACG         2 1   1   2       3                                               3                                                  
ACT           5 1       2                                                       2                                                
AGC   3       4       1 4                           1                               8                                            
AGG             1                                                                     1                                          
AGT       1         1                                                                   2                                        
ATA                           5 1                                                                                                
ATC           1     1         2 2                           1                               3                                    
ATG     1       6         1 1   1                             1                               5                                  
ATT               1         3 2                                                                 2                                
CAA                                   4   1                                                                                      
CAC                                                 3                                                                            
CAG     1                         3 4         2       2               1                                                          
CAT                                 1                   1               1                               2                        
CCA                                           5                                                                                  
CCC           1                           1   2 2           2               1                               3                    
CCG             1                     1   6                   6               1                                                  
CCT                                         1 2                 1                                                                
CGA                               2                                                                                              
CGC                                 7       1     2   2 7   1                                                       4            
CGG                   1               1       1   1 2                                                                 1          
CGT                                     2           5 1                                                                          
CTA                                                         1 6                                                           1      
CTC                         1               1       1         2 4                           3                               2    
CTG                                           5       2   3 1   2                             1                               3  
CTT                             1               1       1   2                                   2                               1
GAA 1                                                                 4   1       3                                              
GAC   1                             1                                 2 9           3                                            
GAG     2                                                         1           1       2               1                          
GAT       5                                                         8                   2                                        
GCA         1                                                     1         2 10   1       2                                      
GCC           6                                                     1         1 13   4       4               1                    
GCG             4                             1                           6     1     2       13                                  
GCT               3                                                     2   4 2         3                                        
GGA                                                               2       2         1 1                                          
GGC                 7                               1               5       2     2   4 18   2                       1            
GGG                   1                                               3       2   5 1   2                                        
GGT                     2                                               1       2   9 2                                          
GTA                                                                       1                   2                                  
GTC                         2                               1               4                                               1    
GTG                           1                               3               7                 2                                
GTT                             3                               6               2           2                                    
TAA                                                               1                                               5              
TAC                                 3                                                                   1           2            
TAG                                                                                                                              
TAT                                     4                                                         1 1                   1        
TCA                                                                                                           5           3      
TCC           1                                                                                           1   1 3   1       1    
TCG                                           3                                                       1   4 1                 8  
TCT                                             2                                                           5                   3
TGA                                                                                               2                 1 1   1      
TGC                                                 4                                                                 2          
TGG                                                   5                                               1           2 2            
TGT                                                     2                                               1           1            
TTA                                                                                               1                           2  
TTC                                                                                         1                                   2
TTG                                                           4                                               1           2      
TTT                                                             1                                                             1  

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
* 7   1   1           1                 1  
A   39   3 1   10             1     1 14 19    
C     1                         6       2 1
D       17 2   5 1         6                
E 1 2     5   5     3                      
F           2         2               1    
G   8 1 6 5   45                 2 9   2    
H       1       1               4         2
I                 6   1 9         1 2 5    
K         3       1 7     2   1 2   1      
L 1         3     2   33     7   4 1   6    
M                 3 1 1             6 5    
N       8           2     3       3 1      
P   2                 9     19 1   3 2      
Q         1     4   1       3 7 2          
R     4       1 9     1     2 3 21   1   1  
S 1   1     4 10       11   4 5   2 25 5      
T   19             4     3       2 4 18      
V   14       1     5   10 1             6    
W 3   2                         5          
Y 1   3         7                         2

Variants by chromosome

		

		OOAJICEE_1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000,1410000,1420000,1430000,1440000,1450000,1460000,1470000,1480000,1490000,1500000,1510000,1520000,1530000,1540000,1550000,1560000,1570000,1580000,1590000,1600000,1610000,1620000,1630000,1640000,1650000,1660000,1670000,1680000,1690000,1700000,1710000,1720000,1730000,1740000,1750000,1760000,1770000,1780000,1790000,1800000,1810000,1820000,1830000,1840000,1850000,1860000,1870000,1880000,1890000,1900000,1910000,1920000
OOAJICEE_1,Count,1,2,1,1,2,2,5,3,3,2,1,0,0,2,4,2,3,3,4,3,4,3,1,0,1,0,3,0,1,1,1,2,5,0,3,3,2,3,3,1,5,2,2,0,1,1,1,0,1,1,3,1,4,1,5,0,1,4,5,3,3,2,2,1,6,18,1,0,4,5,1,5,4,4,1,2,2,1,3,8,2,4,2,4,4,4,4,5,1,1,2,6,4,3,3,4,5,2,3,0,0,6,4,4,1,2,4,3,7,0,1,2,1,4,3,2,1,1,2,2,2,3,3,0,1,1,6,1,1,2,1,2,3,3,5,5,4,1,2,3,3,2,2,2,3,4,3,1,2,2,2,3,2,0,2,1,5,5,2,2,2,0,1,3,1,5,6,1,3,4,5,1,4,1,1,20,1,5,2,6,4,2,0,2,1,4,0,0,2,5,1,1,2

	
		

		OOAJICEE_2, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000
OOAJICEE_2,Count,3,0,4,3,1,3,2,3,2,2,3,3,2,3,3,1,0,3,2,3,10,4,1,6,3,0,2,2,1,2,2,3,0,2,3,1,5,3,1,2,4,5,3,1,3,3,4,2,4,2,1,4,1,2,2,1,1,4,3,1,3,1,3,4,2,4,1,0,2,0,1,2,2,4,6,0,3,4,1,1,3,0,1,4,2,3,1,5,3,1,3,0,2,3,2,5,1,0,1,5,1,1,2,0,3,3,2,2,1,2,2,4,4,2,2,1,6,1,0,1,2,2,3,0,3,2,2,3,1,3,2,3,1,3,2,2,1,1,2,0,0
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.