SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome brucella_suis_cita_364
Date 2025-02-14 17:19
SnpEff version 
SnpEff 5.2 (build 2023-09-29 06:17), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  -csvStats CRG1.snpEff_summary.csv -htmlStats CRG1.snpEff_summary.html brucella_suis_cita_364 CRG1.vcf
Warnings 2,179
Errors 0
Number of lines (input file) 962
Number of variants (before filter) 962
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		962
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of effects 10,972
Genome total length 3,328,972
Genome effective length 3,328,972
Variant rate 1 variant every 3,460 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
NZ_CP007697.1 1,927,594 599 3,218
NZ_CP007698.1 1,401,378 363 3,860
Total 3,328,972 962 3,460

Number variants by type

Type Total
SNP 845
MNP 0
INS 62
DEL 55
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 962

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   71 0.647%
LOW   264 2.406%
MODERATE   401 3.655%
MODIFIER   10,236 93.292%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   392 59.125%
NONSENSE   7 1.056%
SILENT   264 39.819%

Missense / Silent ratio: 1.4848

Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
conservative_inframe_deletion   10 0.091%
conservative_inframe_insertion   2 0.018%
disruptive_inframe_deletion   4 0.036%
disruptive_inframe_insertion   2 0.018%
downstream_gene_variant   4,496 40.951%
frameshift_variant   55 0.501%
intragenic_variant   2 0.018%
intron_variant   961 8.753%
missense_variant   383 3.488%
splice_region_variant   5 0.046%
start_lost   3 0.027%
stop_gained   8 0.073%
stop_lost   7 0.064%
stop_retained_variant   3 0.027%
synonymous_variant   261 2.377%
upstream_gene_variant   4,777 43.51%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   4,496 40.977%
EXON   733 6.681%
INTRON   961 8.759%
SPLICE_SITE_REGION   3 0.027%
TRANSCRIPT   2 0.018%
UPSTREAM   4,777 43.538%

Quality: 

	

		
 Min40 

		
 Max40 

		
 Mean40 

		
 Median40 

		
 Standard deviation0 

		
 Values40 

		
 Count962
Insertions and deletions length: 

	

		
 Min0 

		
 Max55 

		
 Mean2.821 

		
 Median1 

		
 Standard deviation6.861 

		
 Values0,1,2,3,4,5,6,9,10,12,14,15,17,22,23,27,55 

		
 Count34,60,3,4,1,1,2,1,1,2,1,2,1,1,1,1,1
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 24 148 7
C 28 0 57 164
G 150 55 0 25
T 8 154 25 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 0
Transversions 0
Ts/Tv ratio 0

All variants: 

Sample ,COUNTS,Total
Transitions ,0,0
Transversions ,0,0
Ts/Tv ,NaN,NaN

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Min0
Max0
Mean0
Median0
Standard deviation0
Values0
Count962

Allele Count


Min0
Max0
Mean0
Median0
Standard deviation0
Values0
Count962

Hom/Het per sample 




Sample_names , COUNTS
Reference , 962
Het , 0
Hom , 0
Missing , 0

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
-   1     2           1             1 1       1 1 1 2   1     3 1 2   3 2 1 1 1   1 2 1         2 1 1       1 1 1 1 1 2          
AAA 3     3 1 1                                                     2                                                              
AAC 1     2 2         2                                               2                                                            
AAG 4 3 2               3           1                                   1                                                          
AAT 1 1 1   1       1                                                     5                                                        
ACA               2         1                 1                             3                                                      
ACC           1   4 2 1       4                                               11                               1                    
ACG 1         2 1   1   2       3                                               2                                                  
ACT             4 1       1       1                                               2                                                
AGC 1   3 1     4       2 4                                                           8                                            
AGG               1                                                                     2                                          
AGT 1       1         1                                                                   2                                        
ATA 1         1                 4 1                                                                                                
ATC 4           1               2 3                           1                               3                                    
ATG 2       1     5         1 1   1                             1                               6                                  
ATT 1               1         4 2                                                                 2                                
CAA 2                                   5   1                                                       2                              
CAC                                                   4                                                                            
CAG       2                         4 4   1     2       2               1                                                          
CAT 3                                 1                   1               1                               3                        
CCA 3                                       1   6                                                                                  
CCC 2           1                           1   2 3           2               2                               3                    
CCG 4             1                     1   6 1                 5               1                                                  
CCT 1                                         1 2 1               1                                                                
CGA 2                               1                                                                                              
CGC 5                 1               9       1     2   2 6   1                                                       4            
CGG 1                   1               1       1   1 3   1     1                                                       1          
CGT 2                                     3           5 1                                                                          
CTA                                                           1 5                                                           1      
CTC 1                         1               1       1         1 4                           3                               3    
CTG 2                                           5       1   3 1   2                             2                               1  
CTT 4                             1               1       1   2                                   2                               1
GAA 1 1                                             1               2   7   1       4                                              
GAC     1                             1                                 3 9           4                                            
GAG 3     3                             1                           2           1       2                                          
GAT 1       4                                                         7 1 1 1             2                                        
GCA 2         2                                                               2 10   1       3                                      
GCC 6           8                                                     1       1 2 13   5       4               1                    
GCG 2             3                             2                       1   5   1 1     2       16                                  
GCT 2               4                                                     2   5 3         4                                        
GGA                         1                                       2   1   1         1 1                                          
GGC 7                 7                               1               4       2         3 18   1                                    
GGG 4                   1                                               2           5 2   2                             1          
GGT                       2                                             1 1       2   11 2                                          
GTA                                                                         1                   2                                  
GTC 1                         2                               1               3                                               1    
GTG 4                           1                               3               8         1     1 2                                
GTT 4                             3                               6               2         1 2                                    
TAA                                                                 1                                               2              
TAC                                   3                                                                   1           2            
TAG                                     1                                                                               1          
TAT 3                                     4                                                         1 2                   1 1      
TCA 1                     1                 1                                                                   5                  
TCC 2           1                                                                                     1     1 1 1 3   3       1    
TCG 3                                           3                                                       1   2 1                 3  
TCT 3                                             4                               1                           4 1                 3
TGA                                                                                                 1                 1 1   2      
TGC 1                 1                               4                                                                 2          
TGG 1                                                   5                                               1           2 2            
TGT 1                                                     2                                               1           1            
TTA 2                                                                                                                           5 1
TTC                                                                                           1   1                               3
TTG 3                                                           4                                     1         1           3     2
TTT 1                                                             2                                                             1  

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
* 3       1   1           2       1         2  
- 2   34 3 1 2 5   4 1   1 4   2 2 1 5 3   2 2 1
?                                              
A   12   43   3 1   12             2     1 17 23    
C   2     1                         6 1     2 1
D   1   1   17 4   6 1         5                
E   4   2     11   6     4         1 1          
F   1           3         3               2    
G   11   5   5 6   45   1             2 9   1 1  
H   3       1       1               5         3
I   6                 8   1 8           3 5    
K   7         3         6     3   1 3   1      
L   12           7     2   33     7   3 1   7   1
M   2                 3   1   1         5 6    
N   2       7           3     4       2 1      
P   10   3                 8     24 1   3 2      
Q 2 2         1     5   2       3 9 2          
R   10     4       2 12     2     2 2 22 1 1   1  
S 1 11   1 3     4 10     1 3   4 8   2 25 5     1
T   1   18             6     3   1   2 3 18      
V   9   14       1 1   5   10 1             8    
W 3 1     2                         5          
Y 1 3     3         7     1                   3

Variants by chromosome

		

		NZ_CP007697.1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000,1410000,1420000,1430000,1440000,1450000,1460000,1470000,1480000,1490000,1500000,1510000,1520000,1530000,1540000,1550000,1560000,1570000,1580000,1590000,1600000,1610000,1620000,1630000,1640000,1650000,1660000,1670000,1680000,1690000,1700000,1710000,1720000,1730000,1740000,1750000,1760000,1770000,1780000,1790000,1800000,1810000,1820000,1830000,1840000,1850000,1860000,1870000,1880000,1890000,1900000,1910000,1920000
NZ_CP007697.1,Count,0,3,1,1,3,6,1,5,1,2,1,0,0,5,2,4,3,3,3,7,3,0,1,1,6,0,3,1,2,1,1,2,3,1,5,2,4,1,4,2,4,3,2,1,3,1,1,0,2,3,1,3,3,2,2,1,2,4,4,4,3,1,1,7,19,0,1,3,5,1,4,4,6,4,1,4,1,4,6,3,4,2,4,5,3,4,5,3,1,2,9,3,3,4,3,3,3,3,2,1,8,1,4,5,2,4,5,4,5,0,2,2,4,3,1,2,1,2,2,0,0,4,2,1,1,7,2,1,1,2,1,3,4,4,4,4,3,2,0,5,2,3,1,5,3,3,1,2,1,3,3,2,0,2,2,4,3,5,19,3,2,1,3,2,17,2,6,3,2,5,4,3,2,1,14,20,4,3,6,4,3,1,3,0,4,12,0,2,3,3,1,2,1

	
		

		NZ_CP007698.1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000
NZ_CP007698.1,Count,1,2,0,1,6,3,4,3,1,4,1,3,4,1,1,4,2,1,4,1,2,3,3,3,4,3,1,2,7,5,4,0,3,4,2,4,3,0,3,2,1,3,2,2,0,3,4,2,5,9,5,4,2,0,1,2,4,3,3,3,2,2,1,2,4,3,3,4,2,3,1,1,3,1,1,4,5,0,1,5,2,2,1,4,1,3,1,2,4,2,2,2,6,5,3,3,3,4,3,4,2,2,2,2,3,2,3,2,0,1,4,3,0,2,3,4,3,1,1,3,1,1,6,1,2,4,4,1,1,2,3,1,2,6,1,5,6,0,4,1,0
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.