SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome brucella_suis_cita_364
Date 2025-02-14 17:19
SnpEff version 
SnpEff 5.2 (build 2023-09-29 06:17), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  -csvStats CRG4.snpEff_summary.csv -htmlStats CRG4.snpEff_summary.html brucella_suis_cita_364 CRG4.vcf
Warnings 2,115
Errors 0
Number of lines (input file) 933
Number of variants (before filter) 933
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		933
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of effects 10,697
Genome total length 3,328,972
Genome effective length 3,328,972
Variant rate 1 variant every 3,568 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
NZ_CP007697.1 1,927,594 575 3,352
NZ_CP007698.1 1,401,378 358 3,914
Total 3,328,972 933 3,568

Number variants by type

Type Total
SNP 830
MNP 0
INS 49
DEL 54
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 933

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   57 0.533%
LOW   259 2.421%
MODERATE   390 3.646%
MODIFIER   9,991 93.4%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   383 59.105%
NONSENSE   6 0.926%
SILENT   259 39.969%

Missense / Silent ratio: 1.4788

Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
conservative_inframe_deletion   10 0.093%
conservative_inframe_insertion   2 0.019%
disruptive_inframe_deletion   3 0.028%
downstream_gene_variant   4,419 41.287%
frameshift_variant   43 0.402%
intragenic_variant   2 0.019%
intron_variant   932 8.708%
missense_variant   375 3.504%
splice_region_variant   5 0.047%
start_lost   2 0.019%
stop_gained   6 0.056%
stop_lost   7 0.065%
stop_retained_variant   3 0.028%
synonymous_variant   256 2.392%
upstream_gene_variant   4,638 43.334%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   4,419 41.311%
EXON   703 6.572%
INTRON   932 8.713%
SPLICE_SITE_REGION   3 0.028%
TRANSCRIPT   2 0.019%
UPSTREAM   4,638 43.358%

Quality: 

	

		
 Min40 

		
 Max40 

		
 Mean40 

		
 Median40 

		
 Standard deviation0 

		
 Values40 

		
 Count933
Insertions and deletions length: 

	

		
 Min0 

		
 Max55 

		
 Mean2.748 

		
 Median1 

		
 Standard deviation6.998 

		
 Values0,1,2,3,5,6,10,12,14,15,17,23,27,55 

		
 Count28,59,1,2,2,1,1,2,1,2,1,1,1,1
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 23 147 6
C 28 0 56 164
G 147 53 0 22
T 7 153 24 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 0
Transversions 0
Ts/Tv ratio 0

All variants: 

Sample ,COUNTS,Total
Transitions ,0,0
Transversions ,0,0
Ts/Tv ,NaN,NaN

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Min0
Max0
Mean0
Median0
Standard deviation0
Values0
Count933

Allele Count


Min0
Max0
Mean0
Median0
Standard deviation0
Values0
Count933

Hom/Het per sample 




Sample_names , COUNTS
Reference , 933
Het , 0
Hom , 0
Missing , 0

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
-         1                         1 1         1   1         2   2   3 2 1 1 1     2           1             1 1     2          
AAA 3     3   1                                                     2                                                              
AAC 1     1 2         2                                               2                                                            
AAG 3 3 2               3           1                                   1                                                          
AAT 1 1 1   1       1                                                     5                                                        
ACA               2         1                 1                             3                                                      
ACC           1   4 2 1       4                                               11                               1                    
ACG 2         2 1   1   2       3                                               2                                                  
ACT             4 1       1                                                       2                                                
AGC 1   3 1     4       2 4                                                           8                                            
AGG               1                                                                     2                                          
AGT 1       1         1                                                                   2                                        
ATA 1         1                 4 1                                                                                                
ATC 4           1               2 3                           1                               3                                    
ATG 2       1     5           1   1                             1                               6                                  
ATT 1               1         4 2                                                                 2                                
CAA 2                                   4   1                                                       1                              
CAC                                                   4                                                                            
CAG 1     2                         4 4   1     2       2               1                                                          
CAT 2                                 1                   1               1                               3                        
CCA 3                                           5                                                                                  
CCC 3           1                           1   2 3           2               2                               3                    
CCG 4             1                     1   6 1                 5               1                                                  
CCT 1                                         1 2 1               1                                                                
CGA 2                               2                                                                                              
CGC 4                                 8       1     2   2 6   1                                                       4            
CGG                     1               1       1   1 2                                                                 1          
CGT 2                                     3           5 1                                                                          
CTA                                                           1 5                                                                  
CTC 1                         1               1       1         1 4                           3                               3    
CTG 2                                           5       1   3 1   2                             2                               2  
CTT 4                             1               1       1   2                                   2                               1
GAA 1                                               1               1   5   1       3                                              
GAC     1                             1                                 3 9           4                                            
GAG 4     3                             1                           2           1       2                                          
GAT 1       6                                                         7                   2                                        
GCA 2         1                                                               2 10   1       3                                      
GCC 6           8                                                     1       1 2 13   5       4               1                    
GCG 2             3                             2                       1   5   1 1     2       16                                  
GCT 2               4                                                     2   5 2         4                                        
GGA                         1                                       2   1   1         1 1                                          
GGC 7                 7                               1               4       2     1   3 18   1                                    
GGG 4                   1                                               2           4 1   2                                        
GGT                       2                                             1 1       2   11 2                                          
GTA                                                                         1                   2                                  
GTC 1                         2                               1               3                                               1    
GTG 4                           1                               3               8         1     1 2                                
GTT 3                             3                               6               2           2                                    
TAA                                                                 1                                               2              
TAC                                   3                                                                   1           2            
TAG                                     1                                                                               1          
TAT 3                                     4                                                         1 2                   1 1      
TCA 1                     1                 1                                                                   5                  
TCC 2           1                                                                                           1   1 3   2       1    
TCG 3                                           3                                                       1   2 1                 3  
TCT 3                                             3                               1                           4 1                 1
TGA                                                                                                 1                 1 1   2      
TGC 1                 1                               4                                                                 2          
TGG 1                                                   5                                               1           2 2            
TGT 1                                                     2                                               1           1            
TTA 2                                                                                                                           5 1
TTC                                                                                           1   1                               4
TTG 3                                                           4                                               1           3     2
TTT 1                                                             1                                                             1  

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
* 3       1   1           2       1         2  
-     22 3   2 5   2 1     2   1 1 1 1 2   1 2  
?                                              
A   12   42   3 1   12             2     1 16 23    
C   2     1                         6 1     2 1
D   1       16 3   6 1         7                
E   5   2     8   5     3         1 1          
F   1           4         2               2    
G   11   5   5 6   44   1             2 9   1    
H   2       1       1               5         3
I   6                 8   1 8           3 5    
K   6         3         6     2   1 3   1      
L   12           7     2   33     7   3 1   7    
M   2                 2   1   1         5 6    
N   2       7           2     4       2 1      
P   11   3                 8     22 1   3 2      
Q 1 3         1     5   2       3 8 2          
R   8     4       2 11     1     2 3 20   1   1  
S 1 11   1 2     2 10     1 3   4 7   2 24 5      
T   2   18             5     3   1   2 3 18      
V   8   14       1 1   5   10 1             7    
W 3 1     2                         5          
Y 1 3     3         7     1                   3

Variants by chromosome

		

		NZ_CP007697.1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000,1410000,1420000,1430000,1440000,1450000,1460000,1470000,1480000,1490000,1500000,1510000,1520000,1530000,1540000,1550000,1560000,1570000,1580000,1590000,1600000,1610000,1620000,1630000,1640000,1650000,1660000,1670000,1680000,1690000,1700000,1710000,1720000,1730000,1740000,1750000,1760000,1770000,1780000,1790000,1800000,1810000,1820000,1830000,1840000,1850000,1860000,1870000,1880000,1890000,1900000,1910000,1920000
NZ_CP007697.1,Count,0,3,1,1,3,6,1,5,1,2,1,0,0,5,2,4,3,3,3,7,3,0,1,1,6,0,3,1,2,1,1,2,3,1,5,2,4,1,4,2,5,2,2,1,3,1,1,0,2,3,1,3,3,2,2,1,2,4,4,4,3,1,1,7,21,0,1,3,5,1,4,4,6,4,1,4,1,4,6,3,4,2,4,5,3,4,5,3,1,2,9,3,3,4,3,3,3,3,2,1,8,1,4,5,3,4,5,4,4,0,2,2,4,2,1,1,1,2,3,1,0,4,2,1,1,7,2,1,2,2,1,3,4,3,4,4,3,2,0,5,2,3,1,5,3,3,2,2,1,3,3,2,0,2,2,4,3,5,19,3,2,1,3,2,17,3,6,3,2,5,4,3,2,1,5,1,4,3,6,4,3,1,3,0,4,12,0,2,3,3,1,2,1

	
		

		NZ_CP007698.1, Position,0,10000,20000,30000,40000,50000,60000,70000,80000,90000,100000,110000,120000,130000,140000,150000,160000,170000,180000,190000,200000,210000,220000,230000,240000,250000,260000,270000,280000,290000,300000,310000,320000,330000,340000,350000,360000,370000,380000,390000,400000,410000,420000,430000,440000,450000,460000,470000,480000,490000,500000,510000,520000,530000,540000,550000,560000,570000,580000,590000,600000,610000,620000,630000,640000,650000,660000,670000,680000,690000,700000,710000,720000,730000,740000,750000,760000,770000,780000,790000,800000,810000,820000,830000,840000,850000,860000,870000,880000,890000,900000,910000,920000,930000,940000,950000,960000,970000,980000,990000,1000000,1010000,1020000,1030000,1040000,1050000,1060000,1070000,1080000,1090000,1100000,1110000,1120000,1130000,1140000,1150000,1160000,1170000,1180000,1190000,1200000,1210000,1220000,1230000,1240000,1250000,1260000,1270000,1280000,1290000,1300000,1310000,1320000,1330000,1340000,1350000,1360000,1370000,1380000,1390000,1400000
NZ_CP007698.1,Count,0,2,0,1,6,3,3,4,1,4,1,3,4,1,1,4,2,1,4,1,2,3,3,3,4,2,1,2,7,5,4,0,3,3,2,4,3,0,3,2,1,3,2,2,0,3,4,2,4,9,5,2,2,0,1,2,4,3,3,3,2,2,1,2,4,3,3,4,2,3,1,1,3,1,1,4,5,0,1,5,2,2,1,4,1,3,1,2,4,2,2,2,6,5,3,2,3,4,3,4,2,2,2,2,3,2,3,2,0,1,4,3,0,2,3,5,3,1,1,3,1,1,7,1,2,4,4,1,1,2,3,1,2,6,1,5,6,0,4,1,0
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.